Wenn es genügt die innere Logik zu testen, könntest Du entsprechende Stubs implementieren: also spezielle Schnittstellen, wo gezielt die Testdaten eingespeist und rausgeschrieben werden. Diese Stubs könnten dann von "außen" (zweites Script) zeitlich passend mit Werten getriggert werden. Um nach Abschluss des Tests nicht mehr in den Code eingreifen zu müssen, ist es sinnvoll diese Schnittstellen über ein Flag abschaltbar zu gestalten. Dann bleiben sie einfach im Produkt drin, werden aber nicht mehr ausgeführt.
Wirkliche Inworld-Interaktionen wie Mausklicks oder Bewegungen zu automatisieren dürfte hartes Brot werden. Es gibt zwar Freeware, die Bedieneingaben auf dem Rechner (und damit auch in SL) automatisieren kann. Aber sowas ist schon in 2D nicht trivial (unerwartete Betriebszustände, veränderte Bildgrößen, Fokus wird eventuell weggenommen usw.). Zusätzliche Unwägbarkeiten in SL sind zurückgelegte Entfernungen, Blickwinkel bei Drehungen, Abstände, die sehr stark von lagbedingten Verzögerungen abhängig sind.
EDIT: Für das parallele Abarbeiten mehrerer Scripte brauchst Du nichts besonderes beachten. Jedes Script läuft unabhängig (scheinbar) gleichzeitig mit den anderen Scripten zusammen. Wenn es zeitliche Abhängigkeiten zwischen Scripten gibt, musst Du Dir irgendeinen Mechanismus überlegen, z.B. Mutex, Semaphor, Monitor, Lock.